La costruzione dell'edificio attuale risale al 1339 per iniziativa di Michele Portigiani, membro di una famiglia da sempre sostenitrice dell'ordine francescano e committente, pochi decenni più avanti, anche di un altro monastero di clarisse, dedicato a San Paolo, questa volta all'interno della cinta muraria, il quale doveva servire anche da rifugio in caso di guerre per la comunità di Santa Chiara che si trovava al di fuori del perimetro urbano.