Il Museo di Anatomia Patologica è sorto intorno al 1870 come una raccolta di pezzi anatomici di interesse patologico e didattico prelevati da cadavere e sistemati in vasi di vetro soffiato. Accoglie una importante collezione di pezzi umani ed animali patologici di grande pregio scientifico, alcuni dei quali risalenti all’epoca granducale.